然而，有三大瓶颈制约着大学协同创新建设，科技创新成果的implementation、科技创新的国际前沿性，以及协同创新平台建设的普及性和可持续性。
同时，学科建设同样需要面临“国际型”人才的引进、后备人才的培养、“国际前沿性”教授，国际化建设以及考核体系的建设五个方面的问题。人才方面则要面对“国际化”教育体系，培养计划的可持续性、导师能力的局限性三大挑战。
对此，同济大学交通运输工程学院对照与国际标杆的差距，设定学科发展目标，并逐步检验与目标的差距，通过团队建设与考核指标，“高峰”计划的支持，实现协同创新建设任务。
协同创新绩效考核指标分为三大类，第一类人才队伍，包括国际化领军人才、国家级计划人才、后备人才梯队；第二类代表性成果，国际高水平论文、重大影响力科研项目，以及国家、国内一级学会的行业奖项、行业技术标准；第三类学科建设情况，家级科研平台数量（国家重点实验室、国家工程研究中心），国际知名实验室数量（具有国际影响力的合作实验室）。
