《方案》提出，逐步将现有出口加工区、保税物流园区、跨境工业区、保税港区及符合条件的保税区整合为综合保税区；新设立的海关特殊监管区域统一命名为综合保税区。逐步统一海关特殊监管区域信息化管理系统，统一监管模式。
鼓励辐射带动能力强的大型项目入区发展，在自由贸易试验区内的海关特殊监管区域积极推进内销选择性征收关税政策先行先试。促进海关特殊监管区域发展保税加工、保税物流和保税服务等多元化业务，支持区内企业利用剩余产能承接境内区外委托加工。
鼓励区内企业开展高技术含量、高附加值项目的境内外维修、再制造业务，支持企业运用跨境电子商务开拓国际市场。创新通关监管服务模式，将海关特殊监管区域纳入通关一体化格局，加快复制推广自由贸易试验区及海关特殊监管区域试点成熟的创新制度措施。
